Rumah Sakit Santa Clara Madiun merupakan Rumah Sakit swasta type C yang berdirinya diawali oleh 3 orang biarawati Misionaris Claris dari Sakramen Maha Kudus yang berkebangsaanĀ  Mexico tiba di Madiun pada tanggal 15 September 1960. Mereka diminta oleh Keuskupan Surabaya untuk mengelola Yayasan Panti Bagija dengan unit kerjanya sebagai berikut :

  1. BKIA dan Asrama pegawai Jl.Biliton 15 Madiun
  2. Balai Pengobatan Jl. Cokroaminoto 131 Madiun
  3. Balai Pengobatan di kelurahan Kanigoro Madiun
  4. BKIA, Balai Pengobatan dan Asrama Pegawai di Ponorogo
  5. Balai pengobatan di Kediri.
  6. BKIA, Balai Pengobatan dan asrama Jl.Panglima Sudirman 64 ,Ngawi.

Pada tahun 1967 RS. Santa Clara memulai karyanya dengan menerima penitipan bayi, merawat pasien dewasa , menambah fasilitas yang diperlukan , termasuk Penunjang Medis. Kemudian 8 Pebruari 1969 ditetapkan sebagai RS. Santa Clara. Pada 11 Agustus 1999 dimulai renovasi dengan membangun gedung RS. Santa Clara tahap I, 12 Desember 2000 pembangunan RS. Santa Clara tahap II, tanggal 2 Januari 2003 Gedung Rumah Sakit yang baru mulai beroperasi. Atas berkat Tuhan dan kerjasama dengan para mitra RS. Santa Clara dapat melanjutkan pembangunan gedung tahap III pada tahun 2015 dan diresmikan pada tanggal 11 Agustus 2016 gedung baru diresmikan oleh Mgr. Vincentius Sutikno, PR dan Walikota Madiun Bpk. H. Bambang Irianto, SH, MM.