Pada tanggal 4 Juli 1987, tanah dan gedung yang berada di Jalan Biliton nomor 15 pun dilepas oleh Keuskupan Surabaya dan dibeli oleh Kongregasi Misionaris Claris dari Sakramen Mahakudus. Sejak saat itu, semua kepemilikan Yayasan Panti Bagija diserahkan sepenuhnya menjadi milik Kongregasi Misionaris Claris.
Pada tahun 1996 hingga 1997, kondisi bangunan di Rumah Sakit Santa Clara terbilang sudah tua. Gedung pun dinilai tidak memadai sebagaimana layaknya sebuah rumah sakit. Maka tercetuslah ide untuk memulai pembangunan gedung Tahap I yang direalisasikan pada tanggal 27 Juni 1998 demi tercapainya pelayanan yang sesuai dengan standar rumah sakit pada umumnya. Atas berkat Penyelenggaraan Ilahi melalui kemurahan hati banyak orang, gedung servis pun diresmikan pada tanggal 11 Agustus 1999.
Pembangunan Tahap II pun dilanjutkan pada peringatan ulang tahun ke 40 Misi MC di Indonesia yang biara pertamanya berada di Jalan Biliton no 15, Madiun. Gedung untuk rawat inap serta penunjang medis, seperti radiologi, farmasi, gizi, ICU, dan UGD, pun mulai dibangun pada tanggal 15 September 2000.
Pada tanggal 12 Desember 2002, bertepatan dengan Hari Raya Santa Maria Guadalupe, pelindung utama Kongregasi, para Suster Misionaris Claris bersama segenap karyawan bersyukur kepada Tuhan karena Pembangunan Tahap II Rumah Sakit Santa Clara dapat terwujud. Gedung baru pun diberkati dan diresmikan oleh Mgr. Yohanes Hadi Wikarto, Pr., Uskup Surabaya, dengan kapasitas 100 tempat tidur.
Pada bulan Mei 2015, rumah MC yang lama dan gedung lainnya dibongkar untuk memulai Pembangunan Rumah Sakit Santa Clara Tahap III. Peletakan batu pertama pun dilaksanakan pada tanggal 12 Juni 2015.
Pada tanggal 11 Agustus 2016, gedung baru dengan fasilitas ruang perawatan rawat inap, rawat jalan, dan lain-lain dapat diberkati oleh Mgr. Vincentius Sutikno Wisaksono, Uskup Surabaya, dan diresmikan oleh Bapak H. Bambang Irianto, Wali Kota Madiun.